Historie
Středověk
Město začalo vznikat v druhé polovině 13. století na pravém břehu Vltavy (oproti ostatním královským stavbám na levém břehu jako je zámek Hluboká či Zlatá Koruna) pod soutokem sMalší na bažinatých pozemcích, které Přemysl Otakar II. získal od dvorského sudího Čéče.
První velký nájezd ze strany Rožmberků zažilo město už v květnu roku 1277, k všeobecnému překvapení však navzdory nedokončeným hradbám odolalo. O dva roky později Záviš z Falkenštejna město vyplenil a pobořil, měšťané je však rychle obnovili. Nájezdy a krátkou nadvládou Rožmberků trpělo město ještě roku 1289, ale Václav II. již následující rok zjednal pořádek. Roku 1304 čelilo město útoku vojsk římského krále Albrechta Habsburského, přečkalo jej však bez úhony, okolí však lehlo popelem. V březnu 1318 oblehl město Petr I. z Rožmberka v rámci své vzpoury proti Janu Lucemburskému, ale neuspěl. Další kolo nepřátelství přišlo se vzpourami Rožmberků proti Václavu IV., kdy Budějovice představovaly jednu z nejvýznamnějších opor královské moci. Rožmberkové (Jindřich III. z Rožmberka) je opět několikrát neúspěšně obléhali.
Raný novověk
Po z vojenského hlediska relativně klidném 16. století, během kterého došlo k mimořádnému rozkvětu města (zejména díky rozsáhlé těžbě stříbra a příjmům z vaření piva, obchodu se solí, suknem či rybničního hospodaření).
Moderní doba
Další výrazný vzestup město zažilo na začátku 19. století, když sem přesídlila správa kraje z Písku a Tábora. Z tehdejšího devítitisícového města se také díky železnici stalo významné centrum. Objevily se nové průmyslové podniky, městem začala jezdit elektrická tramvaj.
